Documents how this Matlab code works and what parameters influence the result.

function f = mri_brainweb_params(label, varargin)

%function f = mri_brainweb_params(label, varargin)

%|

%| tissue parameters for brainweb brain images, based on

%| http://mouldy.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/tissue_mr_parameters.txt

%| units of t* are msec

%|

%| in

%| label {0,1,...,10} or 'fat', etc.

%| option

%| b0 1.5 (default) or 3 (todo) (in Tesla)

%| out

%| f.t1,t2,t2s,pd,label,name

%|

%| 2012-05-15, Jeff Fessler, Univ. of Michigan

if nargin < 1, help(mfilename), error(mfilename), end

if streq(label, 'test'), mri_brainweb_params_test, return, end

arg.b0 = 1.5;

arg = vararg_pair(arg, varargin);

if arg.b0 ~= 1.5

fail('only 1.5T done now')

end

if ischar(label)

for ii=0:10

f = mri_brainweb_params(ii);

if streq(f.name, label)

return

end

end

fail('label "%s" not found', label)

return

end

switch label

case 0

f.name = 'background';

f.t1 = 0;

f.t2 = 0;

f.t2s = 0;

f.pd = 0;

case 1

f.name = 'csf';

f.t1 = 2569;

f.t2 = 329;

f.t2s = 58;

f.pd = 1;

case 2

f.name = 'grey-matter';

f.t1 = 833;

f.t2 = 83;

f.t2s = 69;

f.pd = 0.86;

case 3

f.name = 'white-matter';

f.t1 = 500;

f.t2 = 70;

f.t2s = 61;

f.pd = 0.77;

case 4

f.name = 'fat';

f.t1 = 350;

f.t2 = 70;

f.t2s = 58;

f.pd = 1;

case 5

f.name = 'muscle/skin';

f.t1 = 900;

f.t2 = 47;

f.t2s = 30;

f.pd = 1.0;

case 6

f.name = 'skin';

f.t1 = 2569;

f.t2 = 329;

f.t2s = 58;

f.pd = 1;

case 7

f.name = 'skull';

f.t1 = 0;

f.t2 = 0;

f.t2s = 0;

f.pd = 0;

case 8

f.name = 'glial matter';

f.t1 = 833;

f.t2 = 83;

f.t2s = 69;

f.pd = 0.86;

case 9

f.name = 'meat';

f.t1 = 500;

f.t2 = 70;

f.t2s = 61;

f.pd = 0.77;

case 10

f.name = 'ms-lesion';

f.t1 = 752;

f.t2 = 237;

f.t2s = 204;

f.pd = 0.76;

otherwise

fail('bad label %d', label)

end

f.label = label;

% mri_brainweb_params_test()

function mri_brainweb_params_test

for ii=0:10

f = mri_brainweb_params(ii);

f.name; f.t1; f.t2; f.t2s; f.pd;

end